保税区企业出口货物流程如下：

1.货物到港 船公司换单

2.保税区海关申报产品进境备案

3.港口提货做动检

4.上下车，产品进库

5.仓库拉提货单供进口商一般贸易报关

6.海关申报。完税

7.如需要商检则多个报检 和预约查验

8.海关放行

9.仓储物流公司系统做2放

10.客户自提或者物流公司代运

注意：出口企业报关进入保税区，如果属于“保税区仓储转”，但没有将货物销售给境外单位、个人的不予办理出口退税，视同内销征收增值税。在日常企业实地核查中发现有个别出口企业虽是“保税区仓储转”?有出口报关单，也有仓储企业的出境货物备案清单，但企业是将货物销售给保税区内的仓储企业（货款是由仓储企业支付的），不是销售给境外单位和个人，只能是视同内销征收增值税。